Принципът на дезинфекция на натриевия хипохлорит включва главно три аспекта:
Хипохлорната киселина се образува чрез хидролиза и хипохлорната киселина допълнително се разлага, за да образува нов екологичен кислород. Силното окислително свойство на новия екологичен кислород денатурира вещества като протеини върху бактерии и вируси, като по този начин убива патогенните микроорганизми.
Хипохлорната киселина може да проникне в бактерии (вируси) и да реагира с органични полимери като бактериални (вирусни) протеини, нуклеинови киселини и ензими, като по този начин убива патогенните микроорганизми.
Хлоридните йони, произведени от хипохлорната киселина, могат значително да променят осмотичното налягане на бактериите и вирусите, причинявайки загуба на активност и смърт на техните клетки.