Поддържането на чистотата на басейна е от решаващо значение за предотвратяване на разпространението на болести, избягване на инциденти и предотвратяване на инфекции. Препоръчва се цялостно почистване на басейна поне веднъж седмично, особено през сезоните на често използване. Редовното почистване включва не само измиване на филтърните топки, но и проверка на качеството на водата, почистване на стените и пода на басейна и друго оборудване като помпи и системи за филтриране.