Освен вредни вещества, в канализацията има безброй бактерии и вируси. Поради това дезинфекцията с хлор се използва широко за унищожаване на бактерии и вируси във водата по време на етапа на оттичане на чешмяна вода и пречиствателни станции за отпадни води.
При обработката на промишлена циркулираща вода за охлаждане, хлорът се използва и за стерилизиране и отстраняване на водорасли. В процеса на циркулация на охлаждащата вода, поради изпаряването на част от водата, хранителните вещества във водата се концентрират и бактериите и другите микроорганизми ще се размножават в големи количества и лесно ще образуват тинеста мръсотия. Твърде много слузна мръсотия ще доведе до запушване на тръбата и корозия.
Хлорирането обикновено включва инжектиране на хлор във вода за унищожаване на бактерии и други микроорганизми, обикновено в бутилиран хлор.
За да се поддържа бактерицидният ефект, остатъчният хлор винаги трябва да се поддържа на {{0}}.5 ~ 1mg/L в изпусканата вода и в края на водоснабдителната мрежа на 0 0,05 ~ 0,1 мг/л.